В изделии используются микроконтроллеры и мс типа CPLD
Для их прошивки есть раздел в инструкции по
контролю на изделие где необходимы ссылки на файлы с кодами прошивок.
Как рационально ввести эти файлы прошивок в конструкторскую
документацию на изделие?

Единого рецепта нет. Похожие темы уже обсуждались.

ЕСПД как основной регламентирующий документ для "софтовых" решений. Спецификация по ЕСПД включается в конструкторскую спецификацию. Прошивка в бинарном и исходном виде оформляется по ЕСПД как документ на носителе данных (компакт-диске). А 90-ые документы ЕСПД превращаются в руководства по прошивке и проверке.

При необходимости добавляются руководства пользователя (если предусматривается пересборка с изменяемыми параметрами) и системного программиста (если сопровождение делает не Ваша организация).

Во всяком случае мы пришли к такому варианту.

Можно оформить конструкторский документ на прошивку. В документе написать что-нибудь такое: Данные о прошивке МК выполнены в виде электронного конструкторского документа. Имя файла: ХХХХХ.cpp - исходный код прошивки; ХХХХХ.docx - текстовый справочный файл (при необходимости). Можно указать контрольную сумму файла, например, CRC32 чтоб был покороче. Конечно же присвоить децимальный номер документу. Ну и потом в КД на изделие сослаться на данный документ.

Посмотрите тут анологичное САПР2000.