может кто пробовал прошивать микроконтроллеры AVR Atmel программатором СН341А, какую программу использовать и как подключать? в программаторе есть выводы подписаны MISO, MOSI, CS, CLK, +5V, GND,
я думаю что CLK - это SCK, а CS - возможно на RESET (может ошибаюсь) подскажите кто знает

CS - это "Chip Select".
SPI-ное название выводов настораживает, что он предназначен только для прошивки SPI-ных микросхем.
Но не уверен.

Отличие AVR ISP от SPI - в том, что посылки идут по 4 байта, а пин CS - это Reset.
Проверял логическим анализатором (а так же реализовал упрощённую версию протокола) именно таким образом:
- Опускаем Reset (CS) ждём 100мс, пишем данные по 4 байта:
0xAC 0x53 0xFF 0xFF | Читаем: 0xFF 0xAC 0x53 0xFF - Контроллер откликнулся, можно программировать.
И понеслось!
Reset отпускать только после окончания процедуры прошивки.