Используется микроконтроллер STM32F405. ADC1 сконфигурирован в режим сканирования 6 каналов с запуском по таймеру, с периодом 1 мс.
На 3-х из 6-ти входах АЦП появляются импульсы длительностью ~ 1мкс пиковой амплитудой 100 мВ, и с периодом равным периоду сбора данных(1 мс). Эти импульсы создаются самим входом АЦП, так как если АЦП отключен, этих импульсов нет. Если отрезать вход АЦП от ист. сигнала(оставить его висеть в воздухе) то на нем возникает пилообразный сигнал с периодом 1 мс и величиной 500 мВ.
Какая может быть причина этих помех? Возможно-ли ее устранить.
Пробовал подтягивать входы АЦП к земле(и даже к питанию) внутри МК - никакого эффекта.
Заранее спасибо за помощь.

Это не помеха, а проявление первой фазы АЦП - выборки, во время которой ко входу подключается ключом конденсатор, запоминающий входное напряжение. Источник сигнала должен иметь малую величину выходного сопротивления.

желательно малую, но не обязательно. Нужно посчитать Rвых. измеряемого сигнала и исходя из него выбрать время семлирования, что бы входная ёмкость успевала полностью зарядиться. Формулы расчётов смотрите в апликейшенах про АЦП от стм