Здравствуйте.
извините за сумбур.

есть библиотека драйверов и функция Mfs_Write(mfs*, int buffer, bool flag)
имеется функция для создания очереди xQueueCreate (freertos).

если Mfs_Write вызывается до xQueueCreate то программа работает, если
наоборот то не работает (застревает в цикле). выход из цикла по условию что
буфер для передачи опустел, но этого не происходит т.к. не вызывается обработчик
прерываний Tx uart.

не понятно почему, если Mfs_Write после xQueueCreate, то обработчик перестает вызываться?
(флаги разрешения прерывания стоят)

дело наверное в приоритетах

вы были правы, в момент создания очереди происходит вход в критическую секцию и запрет прерываний
уровнем ниже configMAX_SYSCALL_INTERRUPT_PRIORITY по этому обработчик не вызывался.