Вкратце: arm+cyclone2+ddr+ethernet. пакеты буффурезируются обрабатываются и выбрасываются. Пользуясь общими правилами проектирования ПП, на каждый питающий вывод по 100nf, зазор вдвое больше толщины проводника, плюс четыре слоя , частота 80 мгц. К выводы cyclone, 2% не используемых в tri state input. Последовательно собирал проект, все работало стабильно. на определенной фазе начались происходить "черные вещи", состояние автоматов внутри плис заходили в неописанные состояния. Эффекты переключений как то стали зависть от вычислительных операций процессора. Смотрел шумы по питанию на осцилографе, ничего необычного не показало. После N разных экспериментов все заработало. Ограничил ток выходов до минимума и все необъяснимые процессы прекратились. Прошу дать комментарии, или ткнуть носом где можно теорию почитать про физику этих процессов.

неправильно сделано питание/земля + возможен не качественный монтаж BGA.

По организации питания плис можно посмотреть тут https://www.altera.com/support/support-reso...on-network.html

Еще автомат может клинить из-за внешних асинхронных сигналов, которые могут приходить, скажем, от процессора. Если этот момент не учли, либо неправильно учли, устройство будет сбоить. Причем, случайным образом.

Вот это точно неправильно. Все неиспользуемые выводы надо делать выходами. Можно взять в руку иголку и аккуратно потыгать иголочкой в каждый вывод и посмотреть на реакцию устройства.
Как мне кажется у вас либо из-за помех на входы происходят сбои. Либо плата по питанию разведена неудачно.

Поясните, пожалуйста, почему это так?

посмотрите