Первый вопрос: зачем при работе с PCI включать clamp диоды, если при напряжении питания 3.3 В выходы совместимы с 5-ти вольтовой логикой... получается, что плисина защищена от скачков 3.3 вольтового PCI заведомо, а Altera советует: For 5.0 V operation, the PCI clamping diode is optional. However, a device must handle overshoots and undershoots. Since some Altera devices support both 5.0 V and 3.3 V, it is important not to turn the clamping diodes on for 5.0 V, since doing so will damage the device.
Или я чего-то не понимаю...

Второй вопрос: чтобы не отключили CLK ;-) можно ли во время операции чтения конфигурации биосом посылать отличные от FFF....FF данные (например FF...FE), хотя они и не правильные? Предполагаю, что просто будет обнаружени устройство с отстойной конфигурацией...

По первому вопросу: там так и написано - не включать clamping diodes, во избежание повреждения кристалла.

Это уже от конкретной материнской платы зависит...