FT2232H работает в режиме RS232 с использованием функций драйвера D2XX. Периодически теряется часть пакета в начале приема. Уменьшил TimeLatency до 2. Есть еще мысли увеличить приоритет драйвера но для этого нужно вносить изменения в файл inf. Что интересно с драйвером ранней версии работало на ура но потом драйвер обновил и пошли проблемы. Установил обратно старый драйвер - проблемы остались.

Вроде бы как приходит понимание вопроса в процессе экспериментов

Насколько я понимаю то приняв в Rx буфер количество пакетов меньше чем 62 байта FT2232h не передает их на хост а ждет пока не накопится 62+2 то есть 64 а вот по истечению время TimeLatency эти байты пропадают. Вот кажись и теряются пакеты. Или же происходит переполнение буфера 384 байта FT2232 и тоже есть опасность потерять байты.