Здравствуйте

Хочу закрыть доступ к MAX10 по jtag интерфейсу,
но при этом была возможность перепрошить кристалл заново,
не могу выставить security bit в программаторе, т.к. он не активен.

Среда Quartus 15.1.

Как включить security bit ?

Сперва определитесь, что Вы хотите получить. Одно дело, если хочется запретить считывать прошивку по JTAG'у. Другое - если нужно прошивку шифровать, или привязать к конкретной микросхеме.
Почитайте внимательно в хендбуке на MAX 10 про защиту проекта. Она очень сильно отличается от таковой для старых максов (MAX7000 - MAX3000, MAX II, MAX V).

В качестве подсказки - меню Assignment - Device - Device and Pin Options - Configuration - Security - Verify protect.

Спасибо за ответ,

Verify protect - выставил.

Шифрование прошивки пока не требуется.