я использовал методы
1. Подаем вращающий вектор, в в момент максимума на фазе А запоминаем положение,
минусы, в таком вариант минимальный момент, при наличие какой либо нагрузки довольно большая ошибка
2. перебираем все варианты смещения, запоминаем значения при котором максимальное значение скорости, средняя точка и есть нуль
минусы, довольно жесткие режимы для двигателя, греется и пыхтит
3. выставлять энкодер по 0 не предлагать

какие еще варианты