Во многих стандартах кросс-плат с дифф. сигналами (например, PICMG 2.16 и др.), расположение контактов пары таково, что на разъёме вставленной в слот платы (т.е. на модуле) положительный проводник располагается над (или под) отрицательным. Затем пара "разворачивается" на плоскость ПП и идёт куда ей надо.

Вопрос: почему не слева или справа, а именно вертикально?

При вертикальной ориентации длины проводников внутри углового разъёма не равны, а производители разъёмов не указывают длины (плохо смотрел?).
На втором конце линии (в другом слоте) также стоит такой же угловой разъём, что дополнительно увеличивает разницу.
Проблема возникает даже, если просто транслировать дифф. пару с переднего модуля на задний (RTM, rear IO), в этом случае также образуется цепочка из двух угловых разъёмов и соотв. набег фазы.

Кто-нибудь знает, какой в этом смысл и как решается вопрос с разницей длин?

Я думаю что расположение определяется требованиями конструкции - так наиболее просто сделать необходимую жесткость лепестков и выдержать импеданс. Нет необходимости делать сложных гнутых поверхностей для возвратных токов пары. Все делается относительно простой операцией нарезки/штамповки. (см. картинку)

По поводу разных длин - их надо компенсировать на плате (если нужно). Производители эту информацию дают обычно по запросу. В нашей практике это была touchstone модель.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Да, наверно. Видимо, о разводке плат тут думали в последнюю очередь, хотя, по идее, ничего не мешало сделать расположение по горизонтали. Я даже думаю, что не дороже получилось бы. Какие там сложные поверхности? Та же гнушка и штамповка... Да, не было бы возможности наращивать ширину разъёма по одному вертикальному ряду, но это, вроде бы, особо и не нужно...

Спасибо за инфу, будем сильнее долбить производителей насчёт длин...

а вы вспомните пионера в этой области - Z-PACK HM-Zd от TE. им было удобнее экранировать дифпару именно в этой плоскости, только и всего.
а разработчики стандартов уже корячились под то, что можно купить в ближней перспективе.

Не, ну а как же тот же 2.16? Там же уже до этого всё так было, вот в чём вопрос!