В МК 1986ВЕ1Т потребовалось генерить интервалы кратные 1 мкс . Чтобы проверить возможность такого процесса в main() оставил только while(1) {}.

Прерывние обрабатывается так:
void TIMER2_Handler ()
{
TIMER2->STATUS =0 ;//сброс события прерывания
PORTD->RXTX = 0xFFFF ;
PORTD->RXTX = 0 ;
}
Однако при значениях TIMER2->ARR меньше 0x00000030 период срабатывания (выход - порт контролирую осциллографом) становится = 1,5 мкс и не меняется.
Явно связано с работой МК, но почему - не понял. Может кто подскажет? Тактовая частота МК 24МГц. Интервал между PORTD->RXTX = 0xFFFF ; и PORTD->RXTX = 0 ; равен 80 нс

Вход в прерывание занимает 12 тактов. И выход тоже столько же, емнип.
Книжки Джозефа Ю описывают нюансы работы Cortex-M.

если верить описанию мк , у него есть :
имеется до четырёх внешних выводов, соответствующих регистрам
совпадения со следующими возможностями:
- сброс в НИЗКИЙ уровень при совпадении;
- установка в ВЫСОКИЙ уровень при совпадении;
- переключение (инвертирование) при совпадении;
- при совпадении состояние выхода не изменяется;
- переключение при некотором условии.

И эти ножки должны срабатывать без задержек на обработку прерываний. Правда прерывания наверное лучше и не назначать.

Всё верно, компаратор таймера естественно моментально и абсолютно точно формирует требуемые интервалы, и вопрос только в том, сколько тактов требуется на его (компаратора) каждый раз перепрограммирование, которое с такими хотелками естественно исключает хождение через прерывания.

Не забывайте что, дерганье ногой через порт, происходит по APB шине, следовательно и к ней еще доступ уходит, плюс к этому шины могут работать на разных частотах. Даже если в цикле дрыгать ногой то выше ~1 МГц не подняться. В вышем случае лучше шим настроить.