Использую AD16.1. Полигон вокруг виас почти октогональный. Это только у меня, или как. Сгенерировал герберы, там тоже самое. По-моему в предыдущих версиях такого не наблюдал.

Что за виас?
Пишите тогда сразу:
"Полигон эраунд виас лайк ортогонал"

По теме:
"Arc approximation" в свойствах полигона за это отвечает.

Arc Aproxomation укажите более мелкий