Здравствуйте.
Заказчик хочет чтобы ПЛИС работала с памятью DDR-2 MT47H32M16HR-3IT на максимальной частоте 333 МГц
Я знаю, что на Cyclon3,4 получается сделать 150-180MHz.

Посоветуйте пожалуйста какую ПЛИС взять, чтобы она работала с DDR-2 на частоте 333 МГц.

Cyclone5 на встроенном контроллере может до 400Mhz, для 32bit шины данных,
шире не помню (софтовый и 64 бит но только 300Mhz)

https://www.altera.com/products/intellectua...t-selector.html

Скачал Quartus Prime Lite Edition 16.0
Подскажите пожалуйста в каком месте и как нужно объяснить системе,
что я хочу использовать именно аппаратный DDR-2, а не мегафункцию DDR-2?

Может для этого надо купить какую-нибудь специальную лицензию?

Дам такой совет. Если не уверены, заходите на сайт альтеры и смотрите девборды, находите похожий вариант, скачиваете примеры к нему и вникаете как сделано.
Поддержу сказанное выше про C5.

Когда будете генерить контроллер в Qsys, поставьте галку "Использовать аппаратный PHY" в визарде. Еще важно, чтобы сама версия цыклона5 имела аппаратные контроллеры памяти. Буква F в названии 5CEF.. говорит о том, что контроллеры есть, буква В - о том что нет (5CEB..).