Подскажите где заказать мелкосерию пленочных двухслойных клавиатур.

Попробуйте обратиться, например, сюда:
http://www.aonikol.ru/
http://www.nikkol.ru/about.htm
http://dana-nn.ru/

Там не совсем ясные расценки на шелкографию.

Например если метр сетки 200р, фоторезист 600р и трафарет 300р, то сколько у них подготовка и печать одной клавиатуры ?

Так Вы прямо у них и спросите. Фирмы технологически продвинутые и они по крайней мере могут взяться за "маленькую партию".

http://www.swpanels.by/index.php/ru/

Там невозможно объяснить что требуется и какая клавиатура, даже если прислать шаблон, и если это заказ не 1-2к$ то нечего даже спрашивать.

Теоретически шелкографией должно быть дешевле, чем плата таково же формата, т.к. не нужен фоторезист.

Забить в гугле пленочные клавиатуры, позвонить в пяток-десяток контор и выяснить принципы ценообразования занимает полдня, зато появляются практические знания.
Для этого даже необязательно точные чертежи иметь, достаточно размера, числа цветов и примерный тип клавы.