Данные в EEPROM объявляю так #pragma location=".eeprom.noinit", но они обновляются при каждой заливке.

Проверьте опции проекта, кажется Debug, там где устанавливается опции программатрора и порты.
Там есть выбор, что затирать перед "заливкой" - всю память (это Ваш случай), или только программную,
без EEPROM, INFO и прочих.

Явно в опциях проекта нигде этого нет. Если только командной строкой в Exta options, но как это указать я не нарыл.

Для MSP430
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

те я посмотрел бы Debugger -> ST-Link

Нет там ничего такого. Пусто.
Кстати, для прошивки можно использовать STVP, там всё настраивается.

STVP пользую, но интересует дебаг! Заливать одним софтом а отлаживать в другом, согласитесь геморно!

Не соглашусь. Видимо, вы ещё не видели, что такое по-настоящему "геморно"

В IAR это делается при объявлении переменных:
__no_init __eeprom uint8_t s;

__no_init - инф. о том, что переменная не требует инициализации. Компилятор и не генерирует код, который ее будет инициализировать.
__eeprom - что она расположена в области адресов EEPROM. Не более.

"Затирать" ли эту (или какую-либо другую) область при "прошивке" ( точнее - до нее) - решается на уровне дебаггера-программатора.

Возможно - какая-либо специфическая #pragma. Очевидно зависит от target-платформы.