У микросхем на базе ядра ARM9 есть вывод JTAG SELECT, с его помощью выбирается режим работы этого отладочного интерфейса, либо стандартный JTAG работающий по стандартному протоколу, либо JTAG работающий в режиме Embended ICE, так вот вопрос в том как работает MT-LINK, т.е. работает он в режиме стандартного JTAGа либо использует встроенный ICE и работает по его протоколу?

ICE конечно, стандартный JTAG это просто boundary scan - ноги тестировать