Как в Allegro PCB сделать видимой на плате только 1 цепь. То есть цепь на всех слоях должна быть хорошо видима, а другие проводники либо невидимы или достаточно затемнены.

Правой кнопкой на цепи, затем NET->Assign color или HIGHLIGHT.

Хотел бы добавить, что есть более выразительные средства в дополнение к Highlight. Подсветите нужную цепь командой Display ->Assign Color либо Display-> Highlight.
Затем используйте Shadow Toggle кнопку (она затемняет все остальные цепи). Настройки Shadow устанавливаются в меню Display->Color/Visibility закладка Display ( либо кнопкой Color192, расположенной слева от Shadow Toggle на моей картинке)