отдаем плату в изготовление, но есть вопросы:
via connect termal или direct? Via есть как одиночные , так и подключенные к заливке.
накрывать ли via маской?

хочется сделать полигоны для установки стабилизаторов, полигоны с двух сторон платы, как прошить это дело переходами для лучшей теплопроводности но что-бы не мешали последующей пайке на пасту? Шаг? Сетка ? Контур?

Если паять переходные отверстия не собираетесь, тогда зачем термопереходы на них делать, делайте direct. То же самое касательно маски. Если хотите использовать via как тестовые площадки можно via маской не закрывать.