Получилось за комментарить Init_usart. При перезаписи пропал usb, подключаю назад usart, usb включается. Просмотрел все настройки по usart не вижу причин почему usb может не подключаться. Прошу помощи, может кто сталкивался с таким?
Проект собран для HID, предполагается под бутлоадер. Сразу подключил UART для отладчика, сейчас не надобен отключаю и сталкиваюсь с описаной проблемой. Еще интересный факт собираю из куба проект, переношу свои дескрипторы и в ответ тишина(.

Разобрался с проблемой. Решением хочу поделится, возможно кому то будет полезно. В разрабатываемом бутлоадере через usb класса hid. Сразу установил порт перезаписи флешь через usb и вывел отладчик в usart1.
В качестве конструктора проекта взял cubeMX. После создания проекта и редактирования дескрипторов HID , usb заработало как следует. При попытки вывести в уарт отладочную инфу, USB отваливался, решил не пользоваться и вывеел в другом репорт ИД. Когда разработка бутлоадера завершилась выключение уарта из проекта выключало и USB. Анализ проблемы выявил, что в настройках USB device была включена функция по умолчанию VBUS sensing а она мультиплексирована с уарт1. Поэтому в кастом решениях нужно не забывать про это свойство USB.