Обнаружил почти случайно. Полигон не соединяется с переходными отверстиями и площадками той же цепи.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Оказалось, при сглаживании каплями пикадовской утилитой TearDrop в сигнальных слоях рисуются дополнительные отрезки - чисто линии, не соединенные с цепью! И при заливке полигон обходит эти злосчастные отрезки стороной, таким образом, не доходит до площадок и переходных отверстий.
Надо что-то делать. То ли вручную рисовать капли, то ли вообще не сглаживать. То ли уйти на Игл. Или Экспедишн.

TearDrop применяю, при освоении были такие эмоции.

После прохода TearDrop
произвести Utils - Reconnect Nets (Check for Copper Sharing)
после чего перезалить полигоны и DRC напоследок.
Некоторые сгенерированные отрезки приходится удалять вручную.

Благодарствую! Проверил. Все отрезки соединились с цепями. Годится.