Есть отладочная плата Cyclone V GT FPGA - https://www.altera.com/products/boards_and_...clone-v-gt.html

Пробовал подключить к ПК и запустить на ней примеры проектов для PCI Express (раз, два)

Запускал Gen1 x4, не проходит link training. На одном ПК при подключении к одному слоту (Gen3 x8) ltssm доходит до состояния Polling.Active, к другому слоту (Gen3 x4) доходит до состояния Config.Linkaccept, при этом lane_act = 4’b1000, 8 lanes, хотя слот x4.
Пробовал на другом ПК, слот (Gen3 x16) ltssm доходит до состояния Polling.Active.

Кто-нибудь сталкивался с подобной проблемой?

У меня Cyclone IV GX Starter платка, все примеры работают сходу. После заливки прошивки, компьютер надо перезагрузить и карточка определяется.

Это я пробовал. Но так как link training не проходит, то карточка и не должна определяться.

Как досталась Вам эта карточка? Штука не дешевая. Через официального поставщика и осталась ли гарантия и техподдержка? Или неожиданно дешево по объявлению?
Altera(Intel) достаточно серьезная фирма, чтобы допустить выпуск бракованных отладочных плат, и по моим представлениям, их примеры прекрасно работают на их отладочных платах. Проект действительно именно для этой отладочной платы? Через что и каким образом наблюдается что не проходит Link Training?
Есть ли возможность попробовать на другом компьютере, желательно совершенно иного производителя мат платы?

Деталей покупки не знаю, этим у нас занимается отдел закупок, и карточка куплена уже пару лет назад.
Пример именно под эту карточку. ltssm наблюдаю через signal tap. Пока пробовал только на двух разных ПК.
Мне кажется, что может быть проблема в материнке, потому что в разных слотах Link Training доходит до разного состояния.

Пока я эту задачу отложил, поскольку не очень приоритетная.

Попробуйте отключить в BIOS опцию PCIE Spread Spectrum если таковая есть. Может там частоты выплескиваются за пределы допусков, и потому даже train последовательности не видятся.

Если сидите на квартусе 16.0, попробуйте добавить в QSF:
set_instance_assignment -name XCVR_RX_COMMON_MODE_VOLTAGE VTT_0P75V -to <pin_name>
set_instance_assignment -name XCVR_RX_SD_THRESHOLD 4 -to <pin_name>

Или на 16.1 обновитесь