Здравствуйте.

Ниже была похожая тема, но там у ТС проблема что в IRQ было не попасть :-) у меня на оборот заведено периодическое прерывание 6-го таймера и отладчик в пошаговом все время попадает туда. В том же IAR это решалось опцией в настройках, а как тут? MDK ARM 5.17, проц STM32F746 + ST-Link/V2. Драйвера и прошивку обновил.

Спасибо.

У stm32F746 есть ошибка на кристалле из-за которой неправильно работает пошаговая отладка. Для JLink помнится выпускали какой-то костыль, который частично решал проблему, а так в камнях с ядром следующей версии (после r1p0) это поправили (в тех же stm32f767).

Ошибки нет. Просто перефирия при остановленной отладке продолжает работать и генерить прерывания.
Если надо пошагово отлаживать с остановкой переферии, то это надо указать процессору для конкретной переферии в регистрах DBGMCU->APB1FZ, DBGMCU->APB2FZ.