1. При инициализации через EPCS16 ПЛИС сама является мастером и читает содержимое памяти. Процесс чтения данных из внешней памяти = процесс конфигурации.
Цитата(fveev @ Mar 19 2017, 10:41)

...запускается внутренняя инициализация ПЛИС
Непонятно, что вы под этим понимаете. Начальное состояние всех триггеров ПЛИС определено в самой конфигурации.
2. Поскольку ПЛИС - мастер, то понятие "успевать" на этапе конфигурирования для неё не применимо. Не успеть загрузиться ПЛИС может в составе комплекса. Т.е. представьте себе, что после подачи питания, какие-то другие системные сущности пытаются взаимодействовать с ПЛИС, которая ещё сама не загрузилась.
3. Скорость чтения зависит от частоты синхросигнала, ширины шины данных памяти (EPCS16 - последовательная 1-битная. А, например, EPCQ16 поддерживает 4-битный режим, соответственно время конфигурации в 4 раза меньше при той же частоте). Частота может генерироваться самой ПЛИС или внешним генератором (как точно у StratixII - нужно уточнять). Читайте даташиты.