Подскажите какая Altera пропустит по ногам и логике 900-1000 МГц? И где в даташите этот параметр максимальной пропускной способности?

Экстрасенсы в отпуске, опишите подробней задачу, чтобы гадать не приходилось.

Какое семейство или конкретная Altera стабильно работает на высоких частотах, а именно позволяет захватывать внешние данные на этих частотах, записывать в регистры и ячейки памяти и т.д.

Боюсь, что никакая. Такие частоты (и выше) - это удел высокоскоростных последовательных интерфейсов. Внутри ПЛИС просто такую частоту не поднять, даже в топовых.

Если речь о SERDES'ах, то datarate 900-1000 Mbps можно получить в Arria V, Arria 10, Cyclone 10 GX
Ищите "High-Speed I/O Specifications" в даташите на семейство. Там написано.

Если речь об XCVRs (блоки трансиверов) - то все что угодно, начиная с Cyclone IV GX.

Если речь о внутренней частоте ядра 900-1000МГц - то для мира FPGA это из области фантастики. Здесь только Stratix 10 + самый быстрый спидгрейд + оптимизация проекта под HyperFlex.

Спасибо большое!