У меня ножки выбора загрузки(MSEL) посажены на землю, что соответствует режиму загрузки Active Serial, видимо поэтому ASDO и nCSO недоступны, вне зависимости от того, что указано в прошивке.
Был не прав. Получить доступ к ASDO удалось, с помощью мегафункции JTAG-accessable Extensions -> Serial Flash Loader. В ее настройках надо поставить галочку "Share ASMI interface in your design".
Однако, доступ только на вывод, да и способ на мой взгляд убогий.
В общем, чтобы работать с ножкой ASDO
Cyclone II, как с обычной ножкой (на ввод и вывод), необходимо чтобы MSEL0 = 1(режим Passive Serial)
Источник