В CIS Capture создал 2 схемных листа каждый из которых хранится в своей папке Project Manager. Делаю Annotate и аннотируются компоненты на всех листах, но вот Part MAnager показывает только компоненты из главного схемного листа. Как добавить в него и компоненты с других листов???

Похоже Вы добавили не листы, а схемы. Проект с несколькими листами выглядит как на этом скрине:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

и он аннотируется полностью без вопросов. Мало того - у него невозможно отключить аннотацию на некотоорых листах, максимум можно управлять форматом нумерации.
А у Вас скорее всего получилось что-то в этом роде:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Аннотация работает на главный дизайн(root, со слэшем на значке).
Остальные либо остаются "в стороне", либо из них(из каждого схематика, который тоже может быть многолистовым) делается иерархический модуль и включается в root - тогда такие модули будут аннотироваться(здравствуйте свойтсва instance и occurence), передаваться на плату и т.д.

спасибо понял.
- я делаю такую конструкцию - на плату "pcb1", которая у меня в папке root, устанавливается сверху другая плата "pcb2" которую сохранил в другую папку (по типу мезонина). "pcb2" устанавливается посредством разъёмов типа pls. И пока у меня вся это простейшая структура соответствует Вашему рис.2.
Не совсем пока понимаю как мне отобразить на схеме процесс подключения всего этого огорода?
2. немогли бы Вы пояснить свойства instance и occurence. При аннотировании не всегда все парты обновляются по опции instance, "до аннатирую" опцией occurence. Чую что-то в схеме накосячил...

Много объяснять надо. Поройте хэлп и/или Митцнера на тему иерархических дизайнов, поэкспериментируйте на тестовом проекте, думаю разъяснится вопрос. И то, что Вы сейчас делаете по структуре 2 это уже не простейшая структура Это уже должна быть иерархия. Как, например, здесь:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Корневая схема - Main, иерархический модуль - Core1 на двух листах, и этот модуль в виду символа восемь раз вставлен на корневой схеме на странице Board_SCH. В свойствах такого модуля Implementation Type = Schematic View, а сама схема, т.е. Implementation = Core1. Также эта схема может быть не в этом DSN-файле, а в каком-то другом, тогда нужно еще указать путь/имя файла в свойстве Impementation Path.

Но это все именно иерархия, а не "одна схема - несколько плат". Для таких случаев, как и в любом другом САПРе, лучше использовать классический подход одна схема(один дизайн) - одна плата. Можно конечно шаманить, переключая root-ы между схематиками, аннотируя и выгружая нетлисты в разные РСВ, но чревато граблями в каком-нибудь неожиданном месте.

И да - первый столбец свойств на скрине - это Instance, как бы основные свойства, на уровне конкретного схематика нижнего уровня. Второй, желтый столбец - это, собственно, Occurence - свойства этого компонента на верхнем уровне, уровне дизайна. В них наверное всегда будет иной Reference, а в общем случае и другие свойства могут отличаться от базовых. На скрине не лучший пример - свойства самого иерархического модуля, такое лучше смотреть на примере простых компонентов входящих в состав этого модуля.