Вместо второго слоя часто используют проволочные перемычки из ряда фиксированых длин.
Какие автотрассировщики позволяют вместо второго слоя вставлять перемычки на незанятых участках платы(на стороне монтажа компонентов)?
Как именно автротрассировать такие платы?

В Pulsonix перемычки проводами (но не фиксированной длинны), изолированными и нет, нативно поддерживаются с первых версий. Для них есть отдельный тип слоёв. Полагаю автотрассировщик тоже должен использовать эти слои (не проверял никогда).
Попробуйте посмотреть в его доках.

PADS умеет

А Altium и Cadence не умеют такого?

Сомневаюсь, что организация, купившая Альтиум, будет экономить стоимость второго слоя меди, но при этом тратить гораздо большие деньги на ручную нарезку и монтаж проволочных перемычек.

Jumper Wire Auto Insertion for PCB assembly:
https://www.youtube.com/watch?v=eQ6ref1-ZSQ

Еще в PCAD я правилами минимизировал дорожки на одной стороне. Авторазводил, вручную спрямлял дорожки до перемычек, где надо еще дорисовывал и запускал авторазводку заново.

Попробуйте TopoR: полагаю, для однослойных плат – это самый эффективный инструмент уже потому, что он обеспечивает минимум перемычек. В документации есть раздел “О работе с однослойными платами”. Если что-то все-таки будет непонятно, обращайтесь (готова сделать ролик с разводкой Вашей платы).

Платы для экстремальных условий, авиации, армии, часто требуют однослойного исполнения. Правда с перемычками там тоже сложно, т.к. иногда обратную сторону просто нельзя использовать.

Не вижу препятствий делать SMT площадки для перемычек.
А если их сделать в виде широкой ленты с концами типа gullwing и уложить в ленту или в трей, то можно ставить станком и паять в печке.
(правда я такой изврат на практике не встречал ))

Неужели забыли как делалась бытовая техника? Односторонние платы с выштампованными отверстиями под выводы и перемычки, которые ставились автоматом как и выводные резисторы. И тиражи были явно такие, что и десятки альтиумов купят не напрягаясь. Вопрос, конечно, целесообразно ли где-то это делать сейчас.