Возникла следующая проблема - получил плату с arria5 (в jtag-цепочке только она), подготовил тестовую прошивку (реализован счетчик, старшие разряды которого выводятся на диоды с частотой несколько единиц герц и кнопка, которая проходит без логики также на диод). Залил .sof-файл, programmer выдал сообщение об успехе, конфиг дан, подключенный к диоду, загорелся и все.... Логика не работает, кнопка не работает, сигнал тап не запускается и выводит сообщение и том, что данный инстанс не найден (примерно так). Вначале думал глюк ПО, но после смены версии квартуса и нескольких типов бластера застопорился. Может кто-нибудь сталкивался с подобным? Буду благодарен за любую наводку.

Давайте не так сумбурно. Лучше по частям.

1. Правильно ли я понял, что: первая упомянутая заливка происходила через JTAG, и она была успешной? а последующие попытки работы через JTAG дают ошибки?

Нет, прошивается все нормально, ошибок нет, config_done подымается в единицу. Но при этом алгоритм не работает. Ошибку исправил разработчик ПП - с его слов на какой-то ноге, отвечающей за конфигурацию стоял не тот транзистор (тут я не до конца понял - типа на выходе должно было быть 2.5V, а было 0.6V, разбираться времени не было), после перепайки все работает в штатном режиме.

Вероятно девайс оставался в общем ресете и не переходил в user mode, как-то так это кажется и реализуется, если не ошибаюсь.