Как победить эти ошибки? Там какой-то двойной слэш,

Это не страшно. Сами библиотеки физически существуют в указанном месте? У вас есть права хотябы на их чтение?

Не, нет таких библиотек

вместо
/usr/share/kicad/modules/Relays_ThroughHole.pretty

есть
/usr/share/kicad/modules/Relays_THT.pretty

разные версии что-ли, видимо что-то препепуталось при разных установках переустановках

Соответственно вопрос, как исправить

Значит оно ругалось правильно?

Есть простой путь и путь для любителей окошек. Простой путь - находите файл ~/.config/kicad/fp-lib-table, открываете его текстовым редактором и исправляете названия. Второй путь - в pcbnew меню Preferences->Footprint Libraries Manager и исправляете там.

а двойной слеш просто игнорировать?

Откровенно замысловатый механизм.... ошибка вылетает при запуске из схемы а исправлять, ее нужно в настройках редактора платы. Трудно назвать это интуитивным интерфейсом ))

Если найдете, откуда он берется - исправьте.
Изначально посадочные места использовались в редакторе плат, поэтому там и находятся настройки. Недавно прикрутили показ посадочных мест при выборе компонента в редакторе схем, поэтому ошибка вылезает в редакторе схем. Со временем сделают лучше. Во всяком случае весной было какое-то обсуждение в рассылке разработчиков. Вы можете написать свое пожелание добавить в редактор схем настройку библиотек посадочных мест в баг-трекер кикада на launchpad, возможно его примут во внимание - логика в нем есть.