На попытку подключится к житагу студия выдает: The OCD JTAG adapter was detected, but the is not target power. Apply power to the target application...
В каком состоянии должен быть отлаживаемый кристалл? Я подключил мегу 16 к житаг порту установил житаг фуз, подал на нее питание. Я думал, что на ногах порта должны быть какие-нибудь цифровые сигналы (на TCK, TMS и TDI никаких сигналов не обнаружил)...

а ноги 4 и 7 на VCC ?
если точнее то на 4-ю нужно подать либо питание от вашей платы, либо питание от самого JTAG (конечно если оно там есть на 7-й ножке)

Проверьте ещё раз все соединения с таргетом (лучше тестером)
кстати там ещё есть TDO и ресет (на 6й ноге 10пин разъема)
у меня такой косяк когда я задом- наперед разъем вставляю

На какой-то из выводов ЛПТ не подана 1 - считает что отлаживаемое устройство выключено. Проверьте еще раз JTAG адаптер - видимо чего-то не хватает

Посадите PA2 (mega16) на Vcc mini-ice. И выкиньте пин Vcc из разъема (так кстати безопастнее и проще разъем получится). Для работы JTAG достаточно 5-ти пин. Avr-Studio покажет, что на target board 6V, просто игнорируйте эту никому не нужную информацию.

Было такое, когда PD3 не был заземлен. Если не получится, схему в студию.

Большое спасибо всем ответившим, еще раз внимательно просмотрел схему оказалось, что когда собирал макетку плохо пропаял землю на GD3 (осебенное спасибо igor26), теперь вроде все заработало. В следующий раз буду внимательней проверять.

Не перестаю радоваться, что у есть такой замечательный форум. У меня была та же проблема - делал на макетке и просто проигнорировал заземленные/закинутые на питание пины. Заработало.
Спасибо бывалым!

Ключевые слова (для поиска - вдруг еще кому понадобится):
не работает ругается запустить miniICE программатор