1. У каких-то переходных отверстия показываются, у каких-то нет. С чем это связано? Можно как-то это настроить? (на картинке)

2. Что за серые прямоугольники на некоторых контактных площадках? Сначала подумал, что это слой пасты, но при включении-отключении слоя F.Paste изображение не меняется. Единственный серый слой Dwgs.User , его отключение включение ни как не влияет на изображение серых прямоугольников. (на картинке)

3. слой пасты на площадках можно как-то увидеть в редакторе? через гербер как-то долго получается

4. по E на футпринте открывается меню "Свойства посад.места" при этом в этом меню само название редактируемого посадочного места отсутствует

5. как сделать прямоугольные контактные площадки с закругленными углами?

6. как обновить футпринты на плате, после того как поменял их в схеме. Новые добавляются, получается что бы обновить приходится удалить сначала футпринт на плате

1 - возможно, глухие или микропереходные? Никогда не пользовался. 2 - не знаю. 3 - попробовать через предпросмотр печати?
Нажмите большую кнопку "изменить посад. места". Кроме того, имя посадочного места отображается в строке статуса основного окна редактора.
Выбрать соответствуюбщий пункт в поле shape свойств контактной площадки. Как этот пункт называется в русифицированной версии - не знаю, русификации у меня нет. Если в выпадающем списке у вас только 4 пункта (круглая, овальная, прямоугольная, трапеция) - надо использовать собранный из исходников или ждать обновления вашей сборки до более свежей версии.
При загрузке списка цепей в разделе "заменять посадочное место" ("Exchange footprint") выберите пункт "заменять".

op3op3
1.
Попробовать переключить "Настройки" - "Отображение" - "Дорожки и перех.отв.:" - "Показать отв. перех.отв." - радиокнопка "Всегда".

2.
Это точно серого цвета, а не результирующий вариант других цветов из разных слоёв?
Надо отключить все отображаемые элементы (не только слои) и, включая по одному, посмотреть что получится.

3.
Переключить режим отображения на OpenGL или Cairo ("Просмотр").

4.
Нажать "Изменить посад.места".

6.
Перечитать список цепей, нажатием специальной кнопки. При этом необходимо выбрать радиокнопкой пункт "Замена посад. места" - "заменить".
Если надо изменить посадочное место после редактирования в редакторе футпринтов (или замене его значения прямо на плате, без редактирования на схеме), то вызвать "Свойства" посадочного места ('E' или через меню по ПКМ). Нажать кнопку "Изменить посад.места", выбрать правильный пункт радиокнопкой, нажать "Применить".

Как сделать сетчатый полигон?

Средствами kicad - увы, никак.

Какие есть возможности заменить полигон на сетчатый ? видимо уже в гербере. под линуксом

Есть верхний и нижний полигон, хочу сшить их переходными по контуру. Как добавить via на плату и присвоить ему цепь?

Рисуете компонент в виде via, добавляете на плату, выделяете пин и присваиваете нужную цепь. Затем Duplicate или Create Array.

не вставляя его в схему? а то бом заполняет лишними строчками

Да, только следить придется, чтобы при чтении нетлиста via не уничтожались случайно.

Там сейчас какая-то движуха по поводу via stitching tool была. Можно надеяться на появление в ближайшее время, а может уже в репозитории имеется.

https://www.youtube.com/watch?v=Hp5ngKtl7S4