Изменил немного схему и одна связь на схеме удалилась.
На плате часть дорожки удалил, потом отвлекли и про остаток дорожки забыл.
Как настроить DRC, чтобы дорожки которых на плате вроде как и нет на самом деле присутствуют.

В DRC скорее всего такой возможности нет, а вот сформировать отчет с висячими проводниками и не подключенными via можно: Tools -> Quick Reports -> Dadling Lines, Via and Antenna Report.