выгорел st-link на stm32f4-disco, заменил с stm32f100, но как-то неуютно - версия старая, v1.j13.s0, а главное красивые разноцветные лампочки при программировании и отладке не мигают
сабж

ST-link Utility с сайта ST скачайте и установите, и там есть обновление прошивки.
Про v1 и v2 не понял. Мне казалось ST-link v1 (аппаратный) имеет только 4 вывода, и был такой на первой Discovery VL. Если у вас такая, вряд ли можно нарастить пару ног и т.д.

речь про софт, а не про ноги - ноги пока все на месте
утилиту скачивал, обновляет только до v1.j13.s0, до v2 не обновляет

Так сколько их там, 6? в разъеме для внешнего проца? Если не обновляет, значит, больше некуда, логично? Схема другая.
У меня обновило до v2.J28.S0

Э-э, а что значит "заменил с stm32f100". Перепаяли?

Flash во второй версии больше, 128k вместо 64k, UART реализован. Чип новый ставить и прошивать бут.

Это в 2.1 так. В 2.0 чип тот же, что и в 1, прошивку (полный образ вместе с бутом) прикрепляю. Сразу после перепрограммирования нормально работать не будет, необходимо обновиться через ST-link Utility.
Подробности здесь.