Объясните пожалуйста, есть ли необходимость при использовании Stratix GX программно описывать протокол SDH (STM-64) внутри кристалла, или данные протоколы уже аппаратно реализованы непосредственно внутри него.

Глупый вопрос Вы знаете что такое FPGA?

Я попросил объяснить.

что именно? по ссылке Вам уже в общем ответили
Конкретезируйте вопрос, напишите тех характеристики которые Вы хотите получить

в описании самого кристалла написано что он поддерживает протокол SDH, вопрос в том как мне обрабатывать STM-64

Мне необходимо высокоскоростная обработка трафика сигнала STM-64 ( в реальном времени )

Мне кажется, Вам лучше найти специалиста, который реализует для Вас STM-64.

Откройте рекомендацию ITU-T G.707. STM-64 это только "обёртка", внутри которой может быть что угодно.
Да, в Stratix GX можно завести и вывести сигнал на скорости , соответствующей STM-64. Всё остальное необходимо реализовывать на логике. Самому или покупать готовое, уже другой вопрос.

Может автор имел ввиду, есть ли уже какие-либо встроенные аппаратные блоки, по типу как для 10G Ethernet - например FIFO или скремблер.
Хотя, когда я реализовывал мультиплексор STM-4/STM-16 на Аррии 5, то все делал руками, там ничего готового не было. На стратиксах не смотрел, думаю тоже ничего нет

Тоже показалось очевидным, что автор имел ввиду именно это, но получил интересные ответы Мое беглое ознакомление с информацией из поиска произвело впечатление, что действительно подобного готового функционала не виднеется. Хотя для того же PCI-E сделано или TSE сделано почти всё и это видно сразу из документации.