Что только не пробовал. Были подозрения, что это как-то связано с тем, что переходные под разъемом (мало ли...), но ставлю рядом другое переходное и все прекрасно работает. Более того, одно из нерабочих переходных перетаскиваю ближе к работающим и та-там, неработающее становится работающим (картинка 1). Поймал момент, когда поднимаю это вдруг заработавшее переходное отверстие выше на 0.1 мм и оно снова перестает быть backdrill (картинка 2).
В интернете нашел описание похожей проблемы на eevblog, но ответов там нет

Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Нажмите для просмотра прикрепленного файла