Подскажите :

1. Достаточно ли для защиты от копирования CF0/1/2 установить галку "Verify protect" в окне "Max10 Device options"?

2. Возможно ли запрограммировать Max10 из под 32-двух битной версии windows?

На сайте Intel-Altera скачиваете отдельный файл Quartus Standalone Programmer и при его установке будет доступен выбор в том числе и 32-битного приложения, но какие там доступны кристаллы подсказать не могу.

Спасибо, скачал, работает.

А по первому вопросу может кто подсказать?

Нет, недостаточно.
Привожу пример: берем Ваш девайс с прошитыми CFM и UFM (со взведенной галкой), и по JTAG'у грузим в него свой sof, который читает флэш и выплевывает его содержимое через любой интерфейс (хоть через обычные I/O).
Для надежной защиты нужно прошивку шифровать, и прошивать в MAX 10 ключик для дешифровки прошивки "на лету".
Для прошивки ключа нужен программер, который умеет работать с ekp-файлами - это или Ethernet Blaster II, или USB-Blaster II.

Спасибо за развёрнутый ответ.

С помощью Convert Programming Files из файлов .key и .sof создал .ekp и шифрованный .pof.
Затем в Quartus Prime Programmer интегрировал .ekp в .pof (всё как в MAX 10 Handbook написано)
Результирующий .pof записал в CFM0 обычным "USB-BLASTER rev.C"!!! не "USB-Blaster II"
Все прекрасно прошилось и работает.
Скажите, на чём основано Ваше утверждение что для прошивки ключа нужен именно "USB-Blaster II" ?
Или я что-то сделал не так?
Как проверить действительно ли прошивка зашифрована?

Для прошивки ключа в FPGA требуется снижать частоту TCK до 100 кГц. Это могут делать EthernetBlaster II и USB-Blaster II.
МАХ 10 - это особый случай (поскольку флэш внутренний), и вполне возможно, что для него и обычный бластер подойдет.