Добрый вечер. Имеется задача по реализации следующей цепочки. На плате установлен контроллер Atmel MEGA 32 и Плис Stratix IV. Контроллер общается с ПЛИС по интерфейсу UART 232 и SPI а ПЛИС общается по гигабитным трансиверам с обородованием выше по иерархии. Я могу писать данные во флэш с помощью ПЛИС, но могу ли я например записать .hex в эту флэш а потом перенаправить для прошивки в контроллер?

Чисто теоретически да, по уарту мк должен прошиваться. Только надо смотреть какие ноги мк для этого дергать надо: ресет и может быть ещё что-то

Я прошивал МК по ISP интерфейсу а как примерно это сделать через UART не особо представляю

Не надо через UART: если SPI, как говорите, подключен, то и прошивайте спокойно через него. Нужна только возможность управлять RESET'ом контроллера.

в мегу32 можно свой бутлоадер засунуть и обновляться дальше через uart.
это если fpga, например, ресетом МК по какой-то причине дёргать не может.
а так через родной ISP конечно проще.

Большое спасибо за советы. Буду пробовать.