Рисую на плате Room'ы, чтобы внутри них смягчать правила через WithinRoom('SampleRoom'). Room'ы лочу, но Altium все равно удаляет их при Import Changes, приходится каждый раз вручную снимать галочки. Можно как-то обойти?

Измените настройки компаратора событий в отношении комнат. Project / poroject options / compatator / changed room definitions

Да, спасибо, помогло, только не changed room definitions, а extra room definitions.