Существует ли какое-либо правило назначения контактам разъема HPC стандарта VITA 57.4 FMC сигналов интерфейса JESD204B?
Ясно, что данные и тактовая частота в разъеме стандартного мезонинного разъема присутствуют, а вот как с оставшейся парой сигналов интерфейса JESD204B?

Думается мне, что эти стандарты мало связаны. Вы сами выбираете назначения в рамках высокоскоростных выводах и всех остальных при условии, что интерконнект поддерживает нужные вам скорости (до 15 Гб/с в JESD204B). И потом указываете это в документации на свое устройство.

Я бы еще смотрел на широко-используемые платы FPGA, как сделано в них. Ибо они стараются соответствовать стандарту, но иногда не полно. Сталкивался с ситуацией, что то, что можно подключить к какой-то там плате со стратиксом, нельзя, например, к KCU705 (подробностй не помню уже).