Здравствуйте.
Я только начинаю свое знакомство с микроконтроллерами. На выход пина будет подключен коллекторный микроэлектродвигатель через моп-транзистор, соответственно он дает большой шум в цепь питания, который я хочу отфильтровать. Подскажите, пожалуйста, какой минимальной амплитуды помех нужно добиваться для стабильной работы микроконтроллера и периферии(spi sd, adc)?

Напряжение питания карточки SD должно быть от 2.7v до 3.6v.

Опорное напряжение для ADC (АЦП) формируется из напряжения питания микроконтроллера.
Поэтому карточку SD и микроконтроллер нужно питать от стабилизатора напряжения, например линейного AM1117-3.3v или импульсного , например MC34063, MC33063A.

У меня бывал импульсный источник с пульсациями около 50 мВ, работает нормально. Но AVDD нужно фильтровать отдельно, оттуда берётся питание не только для АЦП, но и для PLL, в случае чрезмерных помех может сбоить тактирующий генератор.