Если мне надо из предыдущего проекта создать новый, но с другим именем, могу я просто поменять папку и название файла .prj? Вроде, попробовал, DxDesigner открывает проект без проблем и ошибок. Или обязательно использовать JobManagementWizard?

JobManagementWizard автоматически изменяет пути\ссылки в файле *.prj
В противном случае придется все исправлять руками.