Добрый день!
Планируется система, состоящая из нескольких модулей. Эти модули включают в себя: несколько бесколлекторных двигателей с контроллерами (мощность каждого порядка 200-400 Вт), электромагнитные клапана со своими блоками управления (суммарная мощность ~100 Вт), а также модули со всевозможными датчиками (единицы Вт). Модули подключены по шинной топологии, и подключаются к шине сигнального питания 12 вольт, шине RS-485 (относительно сигнальной земли), и шине силового питания 48 вольт (двигатели и клапана), гальванически развязанной от сигнального питания.
Вопрос вот в чем - как правильнее организовать управление моторами и клапанами и гальваническую развязку: 1) микроконтроллер с драйверами, датчиками тока и силовыми ключами подключены к силовой земле, а питаются от шины 12 вольт через изолированный преобразователь, и обмениваются данными через изолированный приемопередатчик; 2) микроконтроллер подключен к сигнальной земле, приемопередатчик неизолированный, а изоляция обеспечивается драйверами ключей и датчиками тока?

Для ответа желательно знать расстояния между устройствами в системе, откуда их БП получают питание и какова проходная ёмкость БП. Зная вышеперечисленное, можно будет нарисовать эквивалентную схему для помех, хотя бы примерную.

Сама по себе гальваническая развязка особо ни от чего не спасает, разве что от блуждающих токов, наведенных соседним трамваем. Дешевые БП могут иметь проходную ёмкость в несколько тысяч пФ, сетевые помехи пройдут сквозь них как нож сквозь масло. А иные БП имеют заземленный экран между первичкой и вторичкой, такой БП прибивает сетевые помехи под корень.

Изолировать бесколлекторные двигатели от корпуса нельзя. Значит на всех корпусах и окружающем металле будут гулять наведенные токи от двигателей и клапанов.
Если у цифровой схемы с изолированным питанием будет какая-то своя земля, то датчики непосредственно от цифровой схемы будут подвержены более жестким помехам.

Я в таких случаях соединяю земли силового и цифрового питаний. А чаще провожу одно питание, оно и силовое, с него и цифровое формируется на месте.
Потому как довольно неприятно потом разбираться в каком порядке питания подаются и снимаются и ставить дополнительную защиту и диагностику на питание.
Гальваноизолирую только полевую шину.

Расстояния между устройствами от 2 до 10 метров, общая длина системы до 30 метров. Работает она в скважине, так что все устройства расположены в ряд и подключены к общим шинам, в верхней части находятся ИП, питающие устройства по сигнальной (12 В) и силовой (48 В) шинам. Внешних помех соответственно нету, так что главная проблема - влияние мощных потребителей, в первую очередь двигателей и их контроллеров, на сигнальные цепи и линию связи.

Самое опасное здесь - это момент включения питания.