Вопрос:
Если надо развести два сигнала в группе с одинаковой длиной дорожек на плате толщино63mil,
учитывает ли программа дополнительные 126 mil?

Смотрите картинку


Я бы воспользовался Timing Vision, смотрел бы при разводке DRC Timing.
Туда попадают эти самые 126mil?

Да, включите учет длины переходных и все будет.