Правильно ли я понимаю, что для микросхем с фиксированным назначением выводов пара "Символ-футпринт" (компонент) является логической частью библиотеки. Путем подключения библиотеки мы используем один компонент в разных проектах (связь "один-ко-многим").

Но если мы работаем с ПЛИС, то "за скобки" может быть вынесен лишь футпринт, а символ становится частью проекта. Максимум - может быть символ-заготовка с отмеченными пинам для программирования и питания, который необходимо копировать и править его в конкретном проекте.

Таков ли подход?

Нет, лучше и надежнее делать полноценный символ "как удобно" - для ПЛИС, например, я делю Parts по банкам и отдельно питание и тактирование.
В опциях проекта установить для Pin-Swapping только Adding/Removing Net-Labels!
Выглядит как-то так:
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

При оптимизации pinout Net-Labels автоматически переставляются между выводами. Устанавливаются они не так красиво, как на рисунке, но логически верно. Красота при необходимости наводится при подготовке документации, если надо.