Собственно в проекте в механических слоях Top Des, Top Comment на плате отображаются соответственно ".Designator" и ".Comment" у всех элементов...
Как это исправить?

поставить им hide и скрыть

Вопрос непонятен

View Configuration -> View options -> Display options поставить галку Convert special strings. Тогда будут отображаться реальные значения.
Ну или скрыть, как посоветовали выше, если не нужны.

Именно! Это ж надо было так спрятать... Спасибо!