Господа, вот уже несколько дней пытаюсь понять, почему EP1K50 в процессе работы частично теряет работоспособность. Выглядит как буд-то часть схемы просто перестает работать (в течение считанных минут), а остальная часть - продолжает функционировать. После реконфигурирования все начинает работать.
Может ли такое происходить из-за некорректности проекта/компиляции?
Или это только аппаратные проблемы (питание, разводка, конкретный экземпляр микросхемы)?

Возможно связано с саморазогревом кристалла , возможно есть критичный по задержкам кусок проекта.

Да, кусок такой есть. Но дело в том, что сразу после реконфигурирования все начинает работать. Имею в виду, что кристалл не успел бы остыть. Да, забыл упомянуть, заполнение порядка 65%.

Если у вас есть State Machines в схеме, посмотрите, не могут ли они вставать в запрещенное состояние. Такое впечатление, что у Вас схема из-за эффекта гонок просто загоняется в нерабочее состояние, из которого выйти сама не может, а помогает только перезагрузка...

Может быть создается какой-либо внутрений генератор типа замкнутого на себя инвертора.