Подскажите плз если имеете опыт - имеется некоторая система управления объектом(набор физических входов/выходов состояние которых - это массив данных в памяти компъютера). Какие есть варианты - связать эту систему(прочитать/записать данные) с simulink?

И Вам отвечу то же самое. Matlab->Help->Search->Engine<CR>
Это интрефейс к Workspace Matlab'a для внешних по отношению к нему программ. Ну а железо - соразмерно задаче. Успехов.