Мучает такой вопрос.
В документации описана возможность конфигурирования 2-х ПЛИС из 1-й флешки, при условии обединения оных в цепочку. При этом вначале загружается 1-й ПЛИС, а после данные для второго идут через 1-й (нога DOUT). На схемах включения все той же документации (DS123.PDF на сайте Xilinx), выводы DONE обоих ПЛИС заводятся на вход CE флешки (режим PowerDown). По моим соображениям после загрузки 1-го плиса он через свой выход DONE должен выключить флешку, тогда каким образом грузится 2-й ПЛИС ?
Буду благодарен если кто то прояснит ситуацию.

Поведение сигнала DONE отдельного кристалла, если мне не изменяет память, задается в опциях генерации прошивки. Т.е. DONE может выставить только второй кристалл.

По умолчению сигнал Done имеет внутренний PullUp и таким образом, низкий уровень сильнее высокого. При этом Done в цепочке перейдет в высокий уровень после того как цепь "отпустит" последний ПЛИС.