Как присоеденить периферийное устройство, реализованное на ПЛИС к компьютеру через разные интерфейсы? Есть какие-нибудь микросхемы стандартные для работы с вышеперечисленными интерфесами? Помогите советом или информацией.

Для USB есть, посмотри например у филипса. По-этому плис лучше не использовать, дешевле будет.

А для COM и LPT - там реализовывать нечего, все предельно просто, посмотри на диаграммы работы. Если тебе надо состыковаться с другим устройством по этим двум интерфейсам и получить какоето универсальное решение, то лучьше возми микроконтроллер (например пик) - будет дешевле.

А вот первый вопрос совершенно не понятен.

А какое переферийное устройство Вы хотите подключить? Или как раз для этого и хотите определиться с интерфейсом?

Устройство может быть простейшим (какой-нибудь электронный ключ например). Это теоретическая разработка и вряд ли будет реализовываться в железе. Задача состоит в том, чтобы это устройство могло быть подключено к ПК через любой из этих интерфейсов (то есть должны быть реализованы все интерфейсы, а выбор нужного осуществлялся бы непосредственно пользователем.) Вот, и вопрос в том, как эти 3 интерфейса(в крайнем случае только LPT и COM) соединить между собой на ПЛИС?

наиболее простое решение для подключения USB - использовать микросхему FTDI - только знай да передавай данные в фифо - она уже настроена, никакую инициализацию проводить не надо.

LPT- можно напрямую подключать к плис, необходим только драйвер на стороне ПК - наиболее простой помоему DriverLynx - там и примеры есть