Такой вопрос.
В описании атмеги128 сказано о двух типах прерываний
1) возникающие по событию и имеющие свой флаг
2) возникающие пока присутствуют условия для прерывания :
"The second type of interrupts will trigger as long as the interrupt condition is present.
These interrupts do not necessarily have interrupt flags. If the interrupt condition disappears
before the interrupt is enabled, the interrupt will not be triggered."

Я так понимаю, ко второму типу относятся внешние прерывания по уровню.
А какие еще?

Например UART data register empty, uart rx complete (флаг при вызове прерывания не сбрасывается, а только при записи / чтении соответственно UDR)